小伦(周杰伦饰)与父亲(黄秋生饰)相依为命，父亲是淡江艺术中学的音乐老师，小伦自小在他的熏陶下，拥有非凡的音乐才华。
这天是小伦转读淡江艺术中学的第一天，当他跟着同学小依(曾恺玹饰)参观校园时，突被一段神秘的钢琴乐曲吸引。
小伦随着琴音引领，走进一间百年琴室，发现弹琴者是一位清秀脱俗的女生小雨(桂伦镁饰)，两人虽然没有交谈，但在四目交投之间，双方都泛起微妙的感觉。
原来小雨是小伦的同班同学，由于冒失的小雨上课时总是迟到，故经常被迫和坐在后排的小伦坐在一起，两人的感情因此突飞猛进，更到达互相分享秘密的阶段；但每当小伦问及那天在百年琴室所听到的神秘乐曲时，小雨总是模棱两可地回答：“那是一个不能说的秘密……”。
距离毕业的日子越来越近，小雨决定向小伦公开神秘乐曲的秘密，于是相约小伦在琴室相见，小伦以字条回复小雨：“今晚琴房7:30，我也告诉你一个秘密”；怎料字条在阴差阳错之下，竟落在暗恋小伦多时的小依手上。
当晚小伦在琴室边奏着小雨喜欢的乐章边等待着，突然一双温暖的手盖着小伦的眼睛，双方情不自禁地拥吻起来，直至小伦张开眼睛，方知对方不是小雨而是小依；与此同时，小伦听到小雨的哭泣声从门外远去，小伦疯狂地追出去，但小雨早已芳踪杳然。

小雨自此仿如人间蒸发，音讯全无。小伦向同学打听小雨的下落，同学竟说从不知有小雨这个人。小伦到小雨家造访，竟被当成瞎撞。小伦翻看点名册，赫然惊觉名册上也没有出现小雨的名字……

直至小伦发现一张父亲和小雨的合照，向父亲追问关于小雨的一切，小伦方知小雨的出现绝非偶然，一切源自一首神秘的乐曲和一个不可告人的秘密……